Biskup Szymon Stułkowski urodził się 21 lutego 1961 r. w Rokietnicy w archidiecezji poznańskiej. Ochrzczony został 5 marca 1961 r. w parafii pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Cerekwicy k/Poznania.

W latach 1980-1986 odbywał formację w Arcybiskupim Seminarium Duchownym i studia na Papieskim Wydziale Teologicznym w Poznaniu. Święcenia kapłańskie przyjął 15 maja 1986 r. w katedrze poznańskiej. Ks. Stułkowski był wikariuszem w parafii pw. św. Marcina w Konarzewie (1986-1988) i w parafii pw. Najświętszego Zbawiciela w Poznaniu (1988-1993).

W latach 1994-2000 odbył studia doktoranckie z zakresu teologii pastoralnej na Uniwersytecie Wiedeńskim, rozprawę doktorską napisał pod kierunkiem ks. prof. Paula M. Zulehnera. W tym czasie był też wikariuszem w parafii pw. św. Antoniego w Wiedniu. W latach 2000-2001 był duszpasterzem akademickim w parafii pw. Wniebowstąpienia Pańskiego w Poznaniu.

W archidiecezji poznańskiej ks. Szymon Stułkowski pełnił funkcję diecezjalnego duszpasterza rodzin, pracował w redakcji ogólnopolskiego miesięcznika „Katecheta”, był adiunktem na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu oraz kierował referatem duszpasterstwa ogólnego i specjalistycznego w Kurii Metropolitalnej. Jest kanonikiem gremialnym Metropolitalnej Kapituły Katedralnej w Poznaniu.

W latach 2006-2016 ks. Stułkowski był sekretarzem Komisji Duszpasterstwa Konferencji Episkopatu Polski, gdzie współtworzył program duszpasterski dla Kościoła w Polsce. Był współorganizatorem Krajowego Kongresu Parafialnych Rad Duszpasterskich.

Bp Stułkowski przynależy do Stowarzyszenia Teologów Pastoralnych strefy niemieckojęzycznej, Stowarzyszenia Pastoralistów Europy Środkowowschodniej, Konferencji Dyrektorów Wydziałów Duszpasterskich strefy niemieckojęzycznej i Polskiego Stowarzyszenia Pastoralistów.

Szczególnie bliska jest mu działalność na polu misjologicznym. Od roku 2006 jest opiekunem Akademickiego Koła Misjologicznego im. Dr Wandy Błeńskiej na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Był też diecezjalnym dyrektorem Papieskich Dzieł Misyjnych. Dobrze zna język niemiecki.

W latach 2016-2019 ks. dr Szymon Stułkowski był rektorem Arcybiskupiego Seminarium Duchownego w Poznaniu.

24 maja 2019 r. Ojciec Święty Franciszek mianował ks. Szymona Stułkowskiego biskupem pomocniczym archidiecezji poznańskiej i przydzielił mu stolicę tytularną Tabalta. Sakrę biskupią przyjął z rąk Arcybiskupa Stanisława Gądeckiego 9 czerwca 2019 r. w katedrze poznańskiej. Hasłem posługi biskupiej są słowa „Vos autem dixi amicos” (Nazwałem was przyjaciółmi).